Universitas Sains Al-Qur’an Jawa Tengah di Wonosobo (UNSIQ) adalah salah satu perguruan tinggi swasta yang berada di Wonosobo. UNSIQ didirikan pada tahun 1988 dengan nama Institut Ilmu Al-Qur’an (IIQ) oleh K.H. Muntaha Al Hafidz.
Yayasan Pendidikan Ilmu-ilmu Al-Qur’an (YPIIQ) Wonosobo, didirikan pada tahun 1987 berawal dari gagasan dan niat suci K.H. Muntaha Al Hafidz yang membentuk Lajnah Pengkajian Al-Qur’an (LPQ) guna mempersiapkan pesantren luhur Al-Qur’an.
IQ Jawa Tengah di Wonosobo didirikan pada tahun 1988 dan merupakan cikal bakal berdirinya UNSIQ Jawa Tengah di Wonosobo dengan rektor pertamanya adalah K.H. Muntaha Al Hafidz (1988-2001). Pada awalnya, IIQ memiliki 2 fakultas dengan 2 program studi jenjang S1, yakni Fakultas Tarbiyah program studi Pendidikan Agama Islam (PAI), dan Fakultas Dakwah program studi Komunikasi dan Penyiaran Islam (KPI).
Selanjutnya, dalam perkembangannya IIQ membuka Fakultas Syariah dengan program studi Akhwal Syakhshiyah (AS) pada tahun 1993. Kemudian pada tahun 1996, IIQ kembali membuka 3 program studi baru sehingga menjadi 3 Fakultas dengan 6 Program Studi. Fakultas Tarbiyah dengan Program Studi Pendidikan Agama Islam (PAI) dan Pendidikan Bahasa Arab (PBA), Fakultas Dakwah dengan Program Studi Komunikasi dan Penyiaran Islam (KPI) dan Pengembangan Masyarakat Islam (KPI) dan Pengembangan Masyarakat Islam (PMI), serta Fakultas Syariah dengan Program Studi Akhwal Syakhshiyah (AS) dan Program studi muamalah.
Sesuai dengan rencana induk pengembangan IIQ Jawa Tengah di Wonosobo, bertepatan dengan sewindu berdirinya IIQ, tepatnya pada tahun 1996 dibuka Program Studi D3 Keperawatan di bawah Departemen Kesehatan RI.
Dalam rangka untuk mengembangkan IIQ menjadi universitas, maka pada tahun 1999 dibuka program pendidikan baru, yaitu Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi (STIE) YPIIQ dengan 2 Program Studi, yakni Akuntansi (S1) dan Manajemen (S1).
Atas persetujuan dari Presiden RI K.H. Abdurrahman Wahid dalam kunjungan di PPTQ Al Asy’ariyyah pada tahun 2001, dan berdasarkan SK Mendiknas RI No. 78/D/0/2001 tertanggal 10 Juli 2001 secara resmi berdiri Universitas Sains Al Qur’an (UNSIQ) Jawa Tengah di Wonosobo yang merupakan pengembangan dari 3 perguruan tinggi sebelumnya (IIQ, AKPER, STIE) ditambah dengan berbagai program studi keilmuan dan teknologi.
